12 октября 1943 года был подписан Указ Президиума Верховного Совета СССР «О ликвидации Карачаевской автономной области и об административном устройстве ее территории». 14 октября 1943 г. было подписано Постановление Совета народных комиссаров о выселении карачаевцев из Карачаевской автономной области в Казахскую и Киргизскую ССР.
Для силового обеспечения депортации карачаевцев были задействованы войсковые соединения общей численностью в 53 327 человек. Операцию проводили командир полка полковник Харьков и его заместители подполковник Котляр и майор Кринкин. План по депортации рассчитывался на 62 842 человека, из них лишь 37 429 — взрослые.
Депортация началась 2 ноября 1943 года, в результате было выселено 69 267 человек (15 980 семей); в том числе 12 500 (18%) мужчин, 19 444 женщины, 36 670 детей (54%).
В Казахстан были завезены 12 342 семьи, или 45 501 человек, в основном — в Южноказахстанскую и Джамбульскую области (25 212 и 20 285 человек соответственно). 22 900 человек привезли в Киргизию. Кроме того, небольшие группы депортировали в Таджикистан, Иркутскую область и на Дальний Восток.
Впоследствии с территории бывшей Карачаевской АО депортированы еще 329 человек, а из других районов Кавказа — 90 карачаевцев. 2543 карачаевца были демобилизованы из Красной Армии, они тоже попали в спецкомендатуры.
Из всех депортированных карачаевцев в системе Наркомзема СССР были заняты 24 569 человек (взрослых — 11 509), в системе других наркоматов — 16 133.
6 ноября 1943 г. Совнарком СССР утвердил постановление «О порядке заселения районов бывшей КАО Ставропольского края». Территория области (9 тысяч кв. км) была поделена между Ставропольским краем (Зеленчукский, Усть-Джегутинский и Мало-Карачаевский, позднее переименованный в Кисловодский, районы, а также часть Микояновского и Преградненского районов), Грузинской ССР (Учкуланский и часть Микояновского районов) и Краснодарским краем (часть Преградненского района). Последовали переименования топонимов. Так, Карачаевск, столица Карачаевской АО, был назван Клухори.
В ноябре 1948 г. был издан Указ Президиума Верховного Совета СССР «Об уголовной ответственности за побеги из мест обязательного и постоянного поселения лиц, выселенных в отдаленные районы Советского Союза в период Отечественной войны», суть которого состояла в том, чтобы репрессированные народы были высланы навечно, без права возврата на этническую родину. Этим же указом режим спецпоселения ужесточался еще более. Документ предусматривал за самовольный выезд из мест поселения 20 лет каторжных работ.
Всего за предвоенное и военное время были депортированы 79 тысяч человек карачаевской национальности. Жесткие условия проживания в местах ссылки, отсутствие элементарных социально-бытовых условий, массовый голод, частые вспышки инфекционных заболеваний, тяжелый труд повлекли за собой массовую смертность среди карачаевцmedium wp-image-634″ />